Первое, что пришло в голову, — создать в экселе табличку с местоположениями и далее импортировать всё в Adwords Editor.

Создали табличку

Импортировали
Внесённые изменения предлагалось опубликовать, но после нажатия соответствующей кнопки программа неожиданно завершилась и появилось сообщение:

Сообщение
Работаю в последней версии эдитора для Mac. Раньше такого не было.
Немного расширил таблицу с городами попробовал опубликовать изменения в той же рекламной кампании в эдиторе для Windows.

Расширенная таблица

Местоположения после публикации изменений
На этот раз без ошибок, но все города не федерального значения были приняты за соответствующие им регионы, что нам не подходит.
Стало понятно, что списком городов ничего не решить: надо искать идентификаторы для каждого места.
Довольно быстро удалось найти файл с идентификаторами всех местоположений Adwords. Прописав в таблице Country Code “RU”, можно скачать файл только с Российскими местоположениями, кроме Крыма. Документ хоть и на английском языке, но все названия с помощью переводчика можно перевести на русский практически без потерь (сделать это придется в несколько шагов). Разбиваем по столбцам и получаем примерно такую структуру.

Файл с местоположениями
Теперь у нас есть все идентификаторы, остается применить расширенный фильтр и выбрать из таблицы подходящие местоположения и их id.

Применяем расширенный фильтр
Можем снова создать таблицу для импорта местоположений в эдитор, теперь мы будем основываться на id, а не названиях мест.

Новый макет для эдитора

Новый импорт в эдитор
Нам снова предлагается опубликовать изменения.

После публикации
Всё проходит успешно, ошибок нет, и города корректно распознаются. Так мы в кратчайшие сроки настроили геотаргетинг более чем на 300 городов. Пользуйтесь.
UPD: Как это сделать в Яндекс Директ читайте здесь.